鋭利と珀は新人サクラ候補生の白崎、悠里、間宮、有賀に、サクラになるべく厳しい訓練を日々施していた。そんな中、事務次官補佐が何者かに射殺された事件で、新人4人は神北係長代理より初ミッションの指令を受ける。また任務を遂行するために、仮としてそれぞれメサイアが任命される。お互いのメサイアに戸惑いを隠しきれない新人達。一方、公安四係に身を置く三栖と周もこの事件を調査し始めた。

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高殿円の小説「メサイア　警備局特別公安五係」を原案に、CDドラマや2013年に製作・公開された映画「メサイア　漆黒ノ章」、それに続く舞台、テレビドラマなど、様々なメディアで人気を博している「メサイア・プロジェクト」の新たな劇場版。軍縮や大量殺戮兵器の開発禁止が進んだかわりに、水面下での情報戦が激化した世界。日本政府はスパイ育成機関「チャーチ」で通称「サクラ」と呼ばれるスパイたちを育成していた。任務に失敗したサクラは助けることも許されなかったが、唯一、チャーチの卒業試験で組んだパートナー＝「メサイア」だけは、任務に失敗したサクラを救うことが許されていた。キャストには、ミュージカル「テニスの王子様」2ndシーズンや映画「カニを喰べる。」などに出演した赤澤燈ほか、モデルや舞台俳優として活躍する若手俳優がそろう。